La cavidad torácica que contiene el corazón y los pulmones, es relativamente pequeña y está separada del abdomen por el diafragma, un músculo fino que sirve para la respiración.

El pulmón derecho está formado por tres lóbulos, y el izquierdo, sólo por uno.

El estómago tiene la particularidad de estar dividido en dos partes: una que carece de glándulas, donde la comida fermenta, y otra parte glandular, donde se producen los jugos gástricos. El ciego, una parte del intestino grueso, está muy desarrollado.

En el ciego actúan unas bacterias que ayudan a la digestión del alimento y producen vitaminas y otras sustancias útiles.

Los riñones tienen una gran capacidad de retención de agua y producen orina muy concentrada de aspecto turbio. Esta característica es una adaptación a los climas áridos en los que han evolucionado estos animales, que sirve para impedir la deshidratación.

En épocas de sequía los hámsters obtienen el agua de la comida, especialmente de insectos (cuando vive en cautividad, o cuando los compramos para dárselos).